La formación que se imparte en el Colegio Sor Querubina de San Pedro se fundamenta en principios fundamentales. Promueve una educación en valores de paz, fraternidad, solidaridad, justicia, libertad, honestidad, tolerancia, responsabilidad, trabajo, verdad y pleno respeto a las normas de convivencia, que fortalece la conciencia moral individual y hace posible una sociedad basada en el ejercicio permanente de la responsabilidad ciudadana.

Garantiza que todos los miembros de la comunidad educativa tengan iguales oportunidades y trato. Promueve el respeto intrínseco a los derechos humanos, a la libertad; que contribuye a la tolerancia y respeto mutuo en las relaciones con los miembros de la comunidad educativa. Incorpora a las personas con habilidades diferentes sin distinción u otra causa de discriminación y asegura como riqueza la diversidad cultural, étnica y lingüística del país, así como el mutuo conocimiento actitud de aprendizaje del otro, sustento para la convivencia armónica y el intercambio cultural.

Asegura las condiciones adecuadas para la educación personalizada, integral, pertinente, abierta, flexible y permanente. Promueve la producción de nuevos conocimientos en todos los campos del saber, el arte y la cultura.

Orienta los procesos educativos hacia la formación de personas con conciencia crítica y colectiva sobre la problemática ambiental y la condición del cambio climático a nivel local y global, así como sobre su relación con la pobreza y la desigualdad social. Las prácticas educativas con enfoque ambiental contribuyen al desarrollo sostenible de nuestro país y planeta.